El defecto más común es el defecto septal auricular secundum (80%).
El ostium secundum es demasiado grande para una cobertura completa por el septum secundum.
El fracaso de la fusión postnatal del septum secundum con el septum primum da como resultado una comunicación persistente en forma de hendidura conocida como foramen oval permeable (PFO).
Una comunicación interauricular primum (10%) representa la persistencia del ostium primum, que ocurre como resultado de la falla de la fusión del septum primum con los cojines endocárdicos.
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