Las contraindicaciones para un TH son, neoplasia maligna extrahepática irresecable, una neoplasia maligna metastásica en el hígado, enfermedad terminal progresiva distinta de la hepática, septicemia incontrolada y lesión neurológica irreversible.
Las contraindicaciones relativas para un TH son, una infección generalizada avanzada o parcialmente tratada, encefalopatía hepática avanzada (grado IV), dificultades psicosociales graves, una trombosis venosa portal que se extiende por todo el sistema venoso mesentérico y una serología positiva para el virus de inmunodeficiencia humana.
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